Hola estimados, desde el punto de vista de los creadores de github es una compra fantástica, ahora son poseedores de 7500M en acciones de MS. Simplemente utilizando como base a Git que es libre.
Desde el lado de Microsoft ahora pueden ver todo el código fuente del software privativo que se aloja en github. Al parecer cambiaron algunas de sus ideas en estos años, ahora se dieron cuenta que pueden ganar mucho también con el software libre, simplemente están siguiendo los pasos de otras empresas (Google, Red Hat, SuSe, Canonical y un gran etc.....)
Desde el lado de los desarrolladores de software libre no le veo ninguna ventaja o desventaja, es más de lo mismo, te brindan una herramienta sin costo monetario que es colaborativa en donde los costos de ISP, server, energía, etc lo pagan ellos, apostando a que en algún momento alguien te contrate para desarrollar algún programa y entonces pagues la suscripción para no hacerlo libre, ya que tu cliente así lo prefiere.
Mudarse a otras alternativas no solucionaría mucho, ya que en algún momento esa alternativa tendrá muchos proyectos alojados y se volverá atractiva para alguna otra compañía que la quiera comprar.
Libre no es gratis.
Saludos.