La lectura de los siguientes articulos:
Sistema de archivos (Atencion a los enlaces al final)
Pruebas con XFS, Reiserfs, ...

Se extrae la siguiente conclusion, segun el tamaño de los ficheros que trabajes: Utilizar XFS si los ficheros son muy grandes de 1 GB para arriba (como ficheros de videos, dvd, divx, audio, etc...) si son pequeños utilizar ReiserFS.