Si no vas a reinstalar el otro sistema (que no tienes por qué hacerlo, ni siquiera es conveniente):
Matiz: Linux utiliza siempre algún sistema para arrancar. Es decir: tiene que haber una aplicación (generalmente grub o Lilo) para poder iniciar Linux. Es más, típicamente estará instalada en el MBR (si haces esta pregunta no creo que hayas metido Linux en el cargador de Windows, por ejemplo, o de algún *BSD) -Master Boot Record: Registro General de Arranque-.
El matiz consiste en que hagas lo que hagas deberás eliminar este gestor (o modificarlo para que sólo te inicie el sistema que vayas a dejar). Si el otro sistema es Windows o Mac, por ejemplo, es mejor eliminarlo. Lilo tiene su opción que no recuerdo (consulta man lilo en el terminal de comandos o el centro de ayuda de turno) pues uso grub, y el caso de grub reconozco que no lo sé, tal vez haya grub-uninstall, pero puedes ver el manual de grub o consultar en consola.
Realmente, ni siquiera tienes porqué borrarlo. Una vez que tengas el arranque del sistema operativo que uses, sólo tienes que disponer del espacio que ocupaba Linux como y cuando desees.
Salud!!
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