Zen ya no es que funcione bien o mal, es que es dar un rodeo innecesario. O llamas a ZMD, que llamara a libzypp; o llamas directamente a libzypp... si definimos un espacio euclídeo con una norma que blablablablabla queda claro que el segundo método es más rápido, más mejor.
Lo del nuevo menú de Gnome se comentó en la reunión del miércoles (sí, hay reuniones*). Básicamente resulta que openSUSE es una distribución de KDE, y Gnome sigue medio dejado de la mano de Dios (el Monstruo de Espagueti Volador). Un día de estos se corregirá.
Sobre el tema principal... estamos hablando de un cuelgue cuelgue?? Vamos, que CTRL+ALT+F1 no funciona, y el ratón no se mueve en absoluto? Porque por muy problemático que pueda ser ZMD, y por muy inoportuno que pueda ser cron ejecutando tareas de mantenimiento... a un cuelgue total durante 20 minutos tampoco creo yo que lleguen.
Y si no es un simple proceso chupando mucha CPU habría que empezar soltando datos (usas KDE o gnome, alguna configuración especial tipo XGL/Beryl?), y acto seguido mirarse los logs... /var/log/warn y /var/log/messages para empezar.
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http://en.opensuse.org/Meeting